最多人提到的免治馬桶缺點就是便座和馬桶的接合處易卡髒汙，由於無法再像傳統馬桶一樣直接用水清洗，因此的確容易有汙垢殘留。不過目前已經有很多免治馬桶在設計上考慮到這一點，因此會特別規劃一鍵拆卸等功能，方便使用者可拆除便座清潔接合處。

免治馬桶另一個清潔困難點就是它裡面的噴嘴，甚至有不少使用者提到擔心噴嘴上卡了排泄物的汙垢，甚至造成不同使用者的疾病交叉感染等風險。較舊型的免治馬桶所使用的噴嘴包含塑膠、abs塑料等材質，但如果希望方便清潔的話最好選用不鏽鋼噴嘴，並含有抗菌或自動清潔功能，方可避免此問題。

由於免治馬桶屬於高科技電子產品，跟傳統馬桶有著很大的不同，因此有不少長輩其實會需要重新學習使用方式，加上操作頁面圖案偏小，對視力不佳的長輩來說很容易造成不便。建議家中有長輩的話購買頁面功能較單純的款式，會更友善他們學習使用。

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說了這麼多免治馬桶的缺點，那到底還要不要買？其實雖然免治馬桶有著上述這些缺點，卻都已經有可排除問題的解決辦法，而且跟缺點相較之下，它所具備的優點還是大得多。例如：恆溫便座，在寒冷的天氣裡就是非常吸引人的優點。

此外，免治馬桶的清洗功能除了平時如廁好用，對生理期期間的女生來說更是一個貼心的設計；因此仍不失為一個值得購買的商品。