（一）孕婦內環境
有的學者報道女性糖尿病患者生產先天性畸形兒的機率是正常人群的3倍以上；甲狀腺缺乏的母體也易誘發產生唇齶裂，母體內產生的對胚胎組織的抗體也可影響胎兒的正常發育。
（二）感染和損傷
病毒、細菌和原生動物均可感染母體經胎盤影響胚胎。風疹病毒和巨細胞病毒是目前已得到證實的在人類先天性畸形中起重要作用的病毒。此外，流感病毒A2和病毒H1與含唇齶裂的先天性面部畸形的發生也有一定的關係。弓形蟲的感染偶爾也可導致先天性畸形，妊娠初期母體如遭受某種損傷，特別是能夠引起子宮及鄰近部位的損傷，如不正當的人工流產或不科學的藥物墜胎等，均可能影響胎兒的發育而產生畸形。
（三）藥物因素
孕婦在妊娠期間，因傷風感冒而服用四環素、水楊酸類的解熱鎮痛葯者，發生唇齶裂的幾率高於未服用上述藥物的孕婦。抗驚厥藥物(如苯妥英納)使人類致畸而發生唇齶裂。服用抗細胞有絲分裂的藥物，如長春新鹼，抗麻風類葯、安眠葯以及服用反應停等的孕婦，其子女也易發生唇齶裂。此外，長期接觸農藥或生活在農藥環境中的婦女，其子女也易發生唇齶裂。
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